Mając już wszystkie elementy naszej frezarki CNC połączone elektrycznie, możemy przystąpić do konfiguracji oprogramowania GRBL. Prawidłowe skonfigurowanie sterownika GRBL jest niezwykle ważne, nieskonfigurowany lub źle skonfigurowany sterownik naszej maszyny jest bezużyteczny. Wielu osobom mogłoby się wydawać, że konieczność konfiguracji jest wadą. W praktyce jest to jednak olbrzymia zaleta, gdyż pozwala dostosować sterownik CNC do zastosowanej przez nas konstrukcji mechanicznej frezarki. Konfiguracją sterownika CNC mamy duży wpływ na precyzję frezarki, ale również na poziom hałasu generowany przez urządzenie. Poniżej przedstawione są funkcje pełnione przez poszczególne parametry konfiguracyjne.