W przypadku instalacji wersji trial tego programu w nowych systemach Windows podczas jego nielegalnego odbezpieczenia następuje poważne uszkodzenie systemu operacyjnego. Sama instalacja Protela 99 SE nie uszkadza systemu operacyjnego. Mimo to Protel 99 SE instalowany w pełnej wersji nie działa poprawnie. Mianowicie ma on trudności z obsługą bibliotek elementów. W Internecie można znaleźć opis modyfikacji pliku wykonywalnego Client99SE.exe, co naprawia usterkę związaną z obsługą bibliotek schematowych i płytkowych. Tego rodzaju modyfikacje oprogramowania są najczęściej niezgodne z licencją komercyjnego programu.
Taką modyfikację można jednak porównać do serwisowania urządzenia po upływie gwarancji producenta. Tym bardziej, że modyfikacja ta nie służy złamaniu zabezpieczeń programu. Przywraca natomiast poprawne działanie kosztownego programu. Zamieszczony opis dotyczy pełnej wersji Protela 99 SE, wymagającej podania podczas instalacji numeru zakupionej licencji.